ボーン作成モードで、作成したい場所にすでにジョイントがあるため、クリックして新しく置くことが出来ない

この問題を解決するには下のようにします。

例として、下のボーンが選択されているとして、ちょうど赤丸の部分に続くボーンを作成したいとします。しかし、そこをクリックしてしまうと、上のボーンが選択されてしまい、うまく作成できません。そこでまず最初にその周辺に作成するようにします。ただし、このときマウスはクリックしたままにしてください。

そのまま新しく作成したジョイントを、上のボーンに重なる位置までドラッグします。これで完了です。